1941 m. balandžio mėn. įkūrus Mokslų Akademijos Istorijos ir archeologijos institutą, organizuojant archeologijos skyrių bei Mokslų akademijai perduodant Vilniaus universiteto Archeologijos ir Etnografijos muziejus daug padirbėjo dr. J. Puzinas. Dr.J. Puzinas iki 1943 m. rengė dar tebeveikusio Lietuvos Mokslų akademijos Istorijos instituto Archeologijos poskyrio veiklos organizavimo dokumentus.

Pokario metais Lietuvos Istorijos institute, organizuojant archeologų darbą, dirbo Pr. Kulikauskas. 1952 m. Lietuvos Istorijos institutą sujungus su Teisės institutu, buvo sudarytas Archeologijos–etnografijos sektorius, kuriam vadovavo dr. Pr. Kulikauskas. 1962 m. spalio mėn. buvo suformuotas atskiras Archeologijos sektorius, kuriam iki 1987 m. vadovavo dr. A. Tautavičius. Nuo 1987 iki 1994 m. Archeologijos skyriui vadovavo dr. V. Kazakevičius, o po jo iki 1999 m. - dr. G. Zabiela. Šiuo metu Archeologijos skyriaus vadovu yra habil. dr. A. Girininkas.

Archeologijos mokslui daug nusipelnė LII dirbę archeologai: habil. dr. R. Volkaitė–Kulikauskienė, habil. dr. R. Rimantienė, habil. dr. L. Vaitkunskienė, habil. dr.V. Urbanavičius, habil. dr. A. Tautavičius, dr. O. Kuncienė ir dr. E. Grigalavičienė.

Archeologijos skyriuje dirba 16 mokslinių darbuotojų: habil. dr. V. Kazakevičius, habil. dr. A. Girininkas, dr. G. Zabiela, dr. S. Urbanavičienė, dr. V. Juodagalvis, dr. E. Svetikas, dr. I. Vaškevičiūtė, dr. T. Ostrauskas, dr. G. Vaitkevičius, dr. V. Vaitkevičius, asist. Dž. Brazaitis, asist. L. Kvizikevičius; trys vyr. laborantai (Dž. Anušauskienė, T. Baranauskas, E. Butėnas) ir viena laborantė (A. Zabielienė), dailininkė (I. Keršulytė). Skyriuje yra vienas doktorantas - R. Jarockis.

Skyriuje šiuo metu vykdomos 3 programos:

Akmens ir žalvario a. Lietuvoje (vadovas habil.dr. A.Girininkas, vykdytojai – dr. V.Juodagalvis, dr.T.Ostrauskas, Dž.Brazaitis);
Baltų gentys ir jų kultūra (vadovas habil. dr. V.Kazakevičius, vykdytojai – dr. I.Vaškevičiūtė, E.Butėnas)
Lietuvos gyventojų XI–XVII a. kultūra archeologijos duomenimis (vadovas dr. G.Zabiela, vykdytojai – dr.S.Urbanavičienė, dr.V.Vaitkevičius, dr.G.Vaitkevičius, dr. E.Svetikas, L.Kvizikevičius)
Archeologijos skyriaus bendradarbiai ruošia leidinius: „Lietuvos archeologija“, „Archeologiniai tyrinėjimai Lietuvoje“ [1998 m.], „Archaeologia Baltica“.